Si ens acostem a l'església de Sant Esteve de Canapost podrem veure les restes d'un cementiri d'època medieval descobert a partir de les excavacions arqueològiques realitzades en aquesta zona.
Actualment, les restes arqueològiques que es poden veure corresponen a una necròpolis o cementiri d'època medieval. Ara bé, al damunt d'aquestes restes hi havia una part d'una necròpolis d'època moderna (segles XVI-XVIII). Com és de suposar, la necròpolis medieval, amb una datació aproximada compresa entre els segles X i XV, estava localitzada en els entorns de l'església i situada sota dels enterrament d'època moderna. El procés d'excavació va ser complicat ja que moltes tombes modernes tallaven parcialment alguns enterraments medievals.
Entre els mesos de novembre de 2004 i maig de 2005, l’Ajuntament va realitzar una excavació arqueològica a l'entorn de l'església de Sant Esteve de Canapost que va permetre localitzar 85 tombes antropomorfes (en forma de persona) fetes amb lloses i 18 sarcòfags esculpits en pedra sorrenca molt típica de la zona.
Totes les tombes visibles són medievals i durant l’excavació es van trobar diverses olles de ceràmica posades al costat del difunt i petxines de Sant Jaume, portades de Santiago de Compostel·la per algun pelegrí fa més de 600 anys.
Val la pena realitzar una visita en aquest indret per gaudir de la pau i la tranquil.litat que s'hi respira i observar les restes arqueològiques descobertes ja que es tracta d'una de les necròpolis medievals amb sarcòfags de pedra més espectaculars de tot Catalunya.
L'església consta actualment de dos edificis juxtaposats, un de preromànic amb una nau, transsepte i absis trapezial; i un de romànic d'una nau amb absis semicircular. Està formada per tres cossos fàcilment identificables. El cos principal, d’estil preromànic, configura el nucli de l’església i va ésser construït entorn del segle IX o X. Hi destaca el seu transsepte, força més alt que la coberta de la nau, amb volta de ferradura ben marcada. Posteriorment, entre els segles XI i XII, s’hi va unir la torre campanar de planta quadrada, al sud, i una nau paral·lela, al nord, d’estil romànic.
El frontis on actualment s’obre la porta de l’accés principal al temple és del segle XVIII i no es va acabar mai. Precisament, darrere dels absis podem veure, a terra, les restes del rosetó que havia de culminar la façana. L’advocació de l’església està dedicada a sant Esteve i a sant Clet, el tercer papa de l’església cristiana que ostentà el càrrec entre els anys 76 i 88. L'església tenia un notable retaule gòtic, de la Mare de Déu de Llet, que avui es conserva al Museu d'Art de Girona. Al costat de l'església hi ha una necròpolis alt medieval.
A l’altar principal i a la volta del transsepte es poden observar restes de pintures romàniques d’extraordinari valor patrimonial. A la part de llevant es pot entreveure un personatge a cavall, que podria correspondre a l'escena bíblica de l'entrada de Jesús a Jerusalem i podria datar-se del segle XII. A la banda contraposada, s’hi intueix una escena del Sant Sopar que els experts situen al segle XV. Ocupen uns 10 metres quadrats i van ser elaborades a base de colors terra, fets amb la combinació de minerals d'òxid de ferro i calç. Les policromies es van descobrir el 1999 arran d’unes cales fetes a partir d'uns fragments de pintura localitzats temps enrere. Van ser restaurades el 2002.