És un dels edificis més importants del romànic català. Està formada per tres cossos fàcilment identificables. El cos principal, d’estil preromànic, configura el nucli de l’església i va ésser construït entorn del segle IX o X. Hi destaca el seu transsepte, força més alt que la coberta de la nau, amb volta de ferradura ben marcada. Posteriorment, entre els segles XI i XII, s’hi va unir la torre campanar de planta quadrada, al sud, i una nau paral·lela, al nord, d’estil romànic.
El frontis on actualment s’obre la porta de l’accés principal al temple és del segle XVIII i no es va acabar mai. Precisament, darrere dels absis podem veure, a terra, les restes del rosetó que havia de culminar la façana. L’advocació de l’església està dedicada a sant Esteve i a sant Clet, el tercer papa de l’església cristiana que ostentà el càrrec entre els anys 76 i 88.
L'església tenia un notable retaule gòtic, de la Mare de Déu de Llet, que avui es conserva al Museu d'Art de Girona. Al costat de l'església hi ha una necròpolis altmedieval.
A l’altar principal i a la volta del transsepte es poden observar restes de pintures romàniques d’extraordinari valor patrimonial. A la part de llevant es pot entreveure un personatge a cavall, que podria correspondre a l'escena bíblica de l'entrada de Jesús a Jerusalem i podria datar-se del segle XII. A la banda contraposada, s’hi intueix una escena del Sant Sopar que els experts situen al segle XV. Ocupen uns 10 metres quadrats i van ser elaborades a base de colors terra, fets amb la combinació de minerals d'òxid de ferro i calç. Les policromies es van descobrir el 1999 arran d’unes cales fetes a partir d'uns fragments de pintura localitzats temps enrere. Van ser restaurades el 2002.